La opacidad de la piel y branquias (tu pez se oscurece) puede ser debido fundamentalmente a dos razones: al pH alto en el acuario o a parásitos en la piel.

Los peces tienen una epidermis carácterística de cada especie e incluso en algunos casos de cada individuo.
Un cambio en la coloración de los peces puede ser un síntoma de que algo va mal en el acuario con tu pez, especialmente si ese cambio consiste en que el pez se oscurece.
Consulta:
pH alto en el acuario
Gyrodactylus y otros monogenea
Repasa los dos para determinar cual se puede ajustar más a tu problema.